Zastąpił w tej roli Lachlana Macquarie, którego jedenastoletnie rządy przyniosły znaczne zwiększenie roli ludzi wolnych w kolonii mającej pierwotnie charakter wyłącznie karny, ale z drugiej strony wzbudzały wiele kontrowersji ze względu na oskarżenia o dyktatorski styl rządów i faworyzowanie byłych skazańców, w większości ułaskawionych przez gubernatora, kosztem wolnych osadników.
Brisbane zreformował system nadań ziemskich w kolonii, m.in. wprowadzając zasadę, iż na każde 100 akrów ziemi jej właściciel będzie otrzymywać bezpłatnie jednego ze skazańców, którzy musieli pracować na tak powstałych farmach na zasadach praktycznie niewolniczych. W 1823 roku wysłał misję eksploracyjną, pod dowództwem porucznika Johna Oxleya, której celem było znalezienie oddalonego miejsca, gdzie można by izolować najgorszych recydywistów, nie poddających się resocjalizacji. Oxley znalazł takie miejsce nad Zatoką Moreton, w punkcie gdzie uchodziła do niej pewna nienazwana dotąd duża rzeka. Na podstawie rekomendacji porucznika założono tam nową kolonię karną, początkowo politycznie podporządkowaną władzom Nowej Południowej Walii. Zarówno osiedle, jak i rzeka, zostały nazwane Brisbane na cześć gubernatora.