Na wiosnę 1998 r. klub wrócił do rozgrywania zawodów na stadionie miejskim. Po sezonie 1998/1999 klub spadł z czwartej ligi. Wobec kłopotów finansowych zdecydowano się w miejsce Granicy utworzyć Chełmski Klub Sportowy. Pod taką nazwą zespół występował w piątej lidze do 2001 r. Po awansie do czwartej ligi klub wrócił do nazwy Chełmianka.
Historia zmian nazw klubu Lata obowiązywaniaNazwaUwagi1955 r. - 1957 r.Międzyzakładowy Klub Sportowy „Start” Chełm1957 r. - 1960 r.Miejski Klub Sportowy „Chełmianka” Chełm1960 r. - 1961 r.Spółdzielczy Klub Sportowy „Chełmianka” Chełm1961 r. - 1969 r.Kolejowy Klub Sportowy „Chełmianka” ChełmJesienią 1961 r. odbyła się fuzja z amatorskim klubem „Kolejarz” Chełm1969 r. - 1974 r.Klub Sportowy Federacji Budowlanych „Chełmianka” ChełmZmiana sponsora strategicznego25.02.1974 r. - 02.04.1974 r.LKS „Gryf” ChełmFuzja „Chełmianki” z LKS „Gryf” Chełm w pionie federacji Budowlanych1974 r. - 1976 r.Robotniczo-Ludowy Klub Sportowy „Zjednoczeni” Chełm1976 r. - 1992 r.Robotniczy Klub Sportowy „Chełmianka” ChełmFuzja „Chełmianki” z RKS Rejowiec Fabryczny1992 r. - 1999 r.Miejski Klub Sportowy „Granica” Chełm18 marca 1992 „Chełmianka” wycofuje się z rozgrywek, 13 lipca 1992 r. fuzja z KS „Gwardia” Chełm1999 r. - 2000 r.„Chełmski Klub Sportowy” ChełmLato 1999 r.