Armie Bennigsena (62 tysiące żołnierzy) i Buxhoevedena (40 tysięcy) były poważnym problemem dla Napoleona, tym więcej, że Prusacy opanowali strach i wzmogli opór. Monarchia pruska przywiązywała ogromną wagę do obrony Gdańska, która miała być pokazem lojalności i przywiązania gdańszczan do dworu Hohenzollernów.
Gdańsk posiadał potężne fortyfikacje, głównie na wzniesieniach Biskupia Górka (Bischofsberg) i Grodzisko (Hagelsberg), a poza miastem kilka fortów w Nowym Porcie oraz Szaniec Wapienny (Kalkschanze) u ujścia Wisły; wzmocniono też wyspę Ostrów (Holm).
W okresie poprzedzającym oblężenie miasta przez wojska francuskie jego garnizon liczył 370 oficerów i 15 287 żołnierzy (w tym wielu Polaków siłą wcielonych do armii pruskiej). Garnizon posiadał około 700 dział, haubic i moździerzy, z czego co najmniej 600 sprawnych. Dodatkowo w mieście i w Twierdzy Wisłoujście stacjonowały rosyjskie posiłki liczące niemal 4800 ludzi. Na czele obrońców miasta stanął wiekowy marszałek Kalckreuth. Ponadto wody Zatoki Gdańskiej patrolowało kilka (6-12) angielskich fregat.