Po zwycięstwie Vasco kilka dni później, Romário odpowiedział: „Teraz dwór jest szczęśliwy: król, książę i głupiec [Edmundo]”.
W wieku 34 lat Romário miał jeden z najlepszych sezonów w swojej karierze, wygrywając z Vasco Copa Mercosur i tytuł mistrza Brazylii. Występ Romário był kluczowy w finale Mercosur, gdzie Vasco zmierzyło się z brazylijskim rywalem Palmeiras z São Paulo. Po rozdzieleniu dwóch pierwszych meczów, decydująca trzecia miała miejsce w São Paulo. Palmeiras objął prowadzenie 3-0 przed przerwą. Jednak w drugiej połowie Vasco strzelił cztery gole, w tym zwycięzcę Romário w doliczonym czasie gry, co zakończyło jego hat-tricka. Romário otrzymał tytuł Piłkarza Roku Ameryki Południowej i Brazylii. Sezony 2000 i 2001 zakończył jako najlepszy strzelec ligi brazylijskiej.
Od 2002 do 2004 grał dla Fluminense. W lutym 2003 r. Romário podpisał lukratywny trzymiesięczny kontrakt w Katarze z klubem Al Sadd, ale po rozczarowującym występie bez strzelenia gola wrócił do Fluminense. 21 października 2004 został zwolniony z klubu po konflikcie z trenerem. Zaatakował także kibica, który podczas treningu rzucił w niego sześcioma żywymi kurczakami. Romário następnie wrócił do gry w drużynie, w której zaczynał, Vasco da Gama.