13 maja 1982 W drugim dniu podróży apostolskiej papież spotkał się w Fatimie z Łucją dos Santos, uczestniczką objawień fatimskich w 1917. W mszy wzięło udział milion osób. W czasie jej trwania przy ołtarzu ustawiona była cudowna figura Matki Bożej Fatimskiej. Po mszy Jan Paweł II powierzył opiece Maryi całą ludzkość. Papież ponownie nawiedził Kaplicę Objawień w godzinie zamachu o 17:19. W Fatimie miało też miejsce z duchownymi, zakonnikami i zakonnicami oraz pracownikami sanktuarium w Ośrodku Duszpasterskim im. Jana Pawła II. Wieczorem powrócił do Lizbony, gdzie w Pałacu Królewskim w Queluz miało miejsce spotkanie z korpusem dyplomatycznym.
14 maja 1982 Papież udał się do Vila Viçosa, gdzie w Sanktuarium Niepokalanie Poczętej (port. Santuário de Nossa Senhora da Conceição de Vila Viçosa), patronki narodu portugalskiego sprawował eucharystię dla rolników i Romów. Podczas nabożeństwa obok ołtarza ustawiono czczoną w sanktuarium figurę Matki Bożej. Po powrocie do Lizbony papież spotkał się na miejscowym Uniwersytecie Katolickim z profesorami, studentami i ich rodzicami. W nuncjaturze miało miejsce spotkanie z pretendentem do tronu Włoch Humbertem II i jego siostrą Joanną Sabaudzką. Następnie papież spotkał się z przedstawicielami innych Kościołów i reprezentantami religii niechrześcijańskich. W odprawionej tego dnia mszy św.