W 1493 miał miejsce trwający osiemnaście tygodni zajazd starosty wschowskiego Wojciecha Górskiego, najeźdźca ściągał wówczas z mieszczan czynsz za młyn, cło i opłaty targowe, ogół poniesionych strat wynosił 70 grzywien. Od 1504 w mieście odbywał się co tydzień targ koński, a miasto przeżywało niebywały rozkwit, spis z 1580 wymieniał sześćdziesięciu trzech polskich rzemieślników. W tym okresie zwiększał się wpływ braci czeskich, którzy już od 1571 byli w posiadaniu kościoła parafialnego, dopiero w 1606 został on odkupiony przez mieszczan. Braciom czeskim miasto prawdopodobnie zawdzięcza rozwój tkactwa i włókiennictwa, w 1634 w Poniecu działało czternastu sukienników. W 1656 wojska szwedzkie spaliły kościół, 8 listopada 1704 pod Poniecem miała miejsce bitwa wojsk saskich ze Szwedami. W tym okresie miasto podlegało pod powiat sądowy z siedzibą w Kościanie.