Po aneksji Królestwa Hanoweru przez Prusy w 1866 roku nie wycofał się z polityki.
Działalność polityczna w Berlinie thumb|Bismarck i Windthorst w Kulturkampfu Powiązania z katolicką hierarchią kościelną zapewniły mu od roku 1867 mandat poselski w okręgu wyborczym Meppen na deputowanego do sejmu pruskiego, a także Związku Niemieckiego względnie Rzeszy Niemieckiej. Był współzałożycielem partii Centrum, mającej na celu obronę praw Kościoła katolickiego oraz zwiększenie kontroli parlamentu nad władzą wykonawczą. Ze względu na swoje drobnomieszczańskie pochodzenie i stanowisko wpływowej grupy arystokratów katolickich kierował partią Centrum nie będąc nigdy jej formalnym przywódcą. Składającej się w większości z polityków katolickich partii Centrum nadał charakter frakcji ponadwyznaniowej, starając się włączyć w jej szeregi posłów innych wyznań, orientacji politycznych czy grup narodowych, w tym Polaków. W okresie działalności parlamentarnej Windthorsta miały miejsce najgorętsze konflikty polityczne zjednoczonych Niemiec, w tym Kulturkampf. W obronie praw Kościoła katolickiego współpracował z kołami polskimi, przede wszystkim z jej liderem Ferdynandem Radziwiłłem.