Jako ochotnik służył w 201 pułku artylerii polowej. Był pracownikiem Komisji Słownikowej Tymczasowej Rady StanuWłodzimierz Suleja, Tymczasowa Rada Stanu, Warszawa 1998, s. 220.. Od 1919 do 1929 był profesorem Uniwersytetu Warszawskiego wykładając język polski. W 1929 został kierownikiem Katedry Językoznawstwa Indoeuropejskiego. W latach 1923–1938 prowadził także wykłady na KUL-u. Był współzałożycielem powstałego w 1925 Polskiego Towarzystwa Językoznawczego, w latach 1931–1933 był jego prezesem.
Należał do Towarzystwa Naukowego Warszawskiego. Był prezesem Towarzystwa Krzewienia Poprawności i Kultury Języka. Współpracował z Towarzystwem Popierania Polskiej Twórczości Literackiej. W 1938 został członkiem Polskiej Akademii Umiejętności.
Zmarł 29 sierpnia 1938. Został pochowany 1 września 1938 na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera 177 wprost-1/2-4/5). Pogrzeb prowadził ks. prof. Jan Stawarczyk.
Materiały archiwalne Stanisława Szobera znajdują się w PAN Archiwum w Warszawie pod sygnaturą III-69Spis inwentarzy, Polska Akademia Nauk Archiwum w Warszawie, [dostęp 2024-02-23].