Po kilku próbach Naoto przejmuje kontrolę nad mechanicznym tyranozaurem- V-Rexem. Korporacja Asami próbowała zanalizować Time Ognistego i wprowadzić do masowej produkcji, jednak technologia z 3000 roku okazała się zbyt zaawansowana. Niedługo później Naoto odkrywa, że Yūri, Ayase, Domon i Sion pochodzą z 3000 roku. Mając tę wiedzę, Wataru Asami mianuje go nowym szefem City Guardians. Miał dwa ptaszki, które oddał pewnej dziewczynce. Pod koniec serii zostaje ranny w klatkę piersiową. Dowiaduje się też, że naukowcy Asamiego znaleźli sposób na usunięcie blokady głosowej V-Commandera, przez co niebędący już potrzebnym Naoto zostaje zwolniony z funkcji dowódcy. Mimo to dążył do zachowania urządzenia dla siebie i pokonuje trójkę City Guardiansów, którzy mieli za zadanie odebrać mu V-Commandera. W 48 odcinku kapitan Ryūya modyfikuje przeszłość tak, by Naoto zginął, ponieważ Ryūya chciał przejąć kontrolę nad Time Ognistym i V-Rexem. Gdy ranny Naoto próbuje złapać jednego z ptaszków, sterowany przez Ryūyę Zenitt zabija go, oddając serię strzałów w jego plecy. Konający Takizawa zostaje znaleziony przez Tatsuyę, oddaje mu V-Commandera i V-Rexa, a chwilę później umiera jego na rękach.