W początku lat 60. do zielonogórskiej parafii należały następujące filiały: Nowa Sól - włączony 20 maja 1962 na skutek przekształcenia nowosolskiej parafii ewangelickiej założonej 15 sierpnia 1948 przez ks. Jana Zajączkowskiego. Barcikowice - w miejscowej kaplicy odbywały się nabożeństwa dla wiernych zamieszkałych we wsi Aleksandrów w latach 1962-1963. Kożuchów - utworzony 16 października 1963 z dawnej parafii w Kożuchowie istniejącej od 1950. Początkowo nabożeństwa odbywały się w Kościele Łaski w Kożuchowie, od 1953 w kościele przy zamku, a następnie w kaplicy miejscowego domu parafialnego. Głogów - filiał powstały w 16 października 1963 poprzez likwidację parafii założonej w 1953. Sieroszowice - nabożeństwa sprawowano w latach 1964-1965 w domu prywatnym.
Od 1961 proboszcz z Zielonej Góry obsługiwał również parafię w Gorzowie Wielkopolskim oraz jej filiał w Międzyrzeczu, w którym nabożeństwa sprawowano w kaplicy należącej do parafii ewangelicko-metodystycznej.