Pierwsze nabożeństwo luterańskie zostało tu odprawione 31 maja 1821 roku przez pastora Georga Ortmanna.
Od powstania parafii do zakończenia II wojny światowej Parafia ewangelicko-augsburska we Włocławku została erygowana w 1829 roku. W chwili powstania liczyła 2414 członków.
W latach 1831–1832 przy Kościele pod adresem Brzeska 22 wybudowano istniejący do dziś budynek plebanii w stylu klasycystycznym, gruntownie przebudowany w 1881 roku oraz w latach 80. XX wieku. Obecnie znajduje się w nim kaplica zimowa.
W 1850 roku dziedzic Siewierska, Fryderyk Wilhelm Cords zapisał swój majątek na poczet budowy nowego Kościoła dla parafii ewangelickiej we Włocławku, a także szkoły i szpitala dla luteran. Na budowę Kościoła złożyły się także datki parafian i dotacje rządowe.
W latach 1877–1881 (wg innych źródeł w latach 1882–1884) wybudowano nowy, ceglany Kościół według projektu Franciszka Tournelle’a w stylu neogotyckim. Jego budowę ukończono ostatecznie w 1884 roku. W 1881 roku rozebrano dawny Kościół św. Wojciecha.