Wraz z oddaniem świątyni do użytku przeniesiono tutaj siedzibę parafii, której nazwę zmieniono na Parafia Ewangelicko-Augsburska Rypin-Michałki.
W latach 1893–1894 szkoły kantoralne w Tomaszewie i Obórkach zostały przekształcone w szkoły elementarne. W późniejszym czasie w Obórkach wybudowana została kaplica.
Parafia w Rypinie w 1923 liczyła 8500 wiernych, z czego 5000 w Rypinie, a 3500 w Michałkach. Podlegały jej dwa kościoły, kaplica oraz dziewięć sal modlitwy. Zbór zajmował się również opieką nad biednymi.
25 października 1937 poświęcony nowy budynek szkoły w Obórkach.
Po zakończeniu II wojny światowej w Rypinie zostało 350 członków parafii. Parafia została zamknięta w okresie 1945-1949, a świątynia parafialna przejęta została przez katolików i zamieniona na kościół szkolny. Do odrodzenia jej działalności doprowadził w 1949 ks. Ryszard Trenkler z Torunia. Rozpoczęto prowadzenie nabożeństw w domu parafialnym, w kaplicy urządzonej w dawnej sali dla konfirmantów. W 1953 odzyskany został budynek kościoła, a pierwsze nabożeństwo w jego murach poprowadzili ks. Karol Kotula, ks. Ryszard Trenkler oraz ks. Bogusław Wittenberg, który został mianowany administratorem parafii.