Kolejnym sukcesem Korony było dotarcie w sezonie 1998/1999 do 1/4 finału (porażka w dwumeczu z GKS-em Bełchatów). W drodze do niej klub zwyciężył m.in. pierwszoligowe Polonię Warszawa i GKS Katowice. Również w sezonie 2003/2004 zespół awansował do ćwierćfinału, odpadając w nim po remisie (1:1) i porażce (0:2) z Legią Warszawa. Także kolejne rozgrywki drużyna zakończyła w 1/4 finału (porażka z Dyskobolią Grodzisk Wielkopolski), a łącznie rozegrała w nich 11 meczów co jest do tej pory klubowym rekordem jeśli chodzi o liczbę spotkań w jednym sezonie Pucharu Polski.
W sezonie 2005/2006 klub dotarł do 1/2 finału gdzie przegrał w rywalizacji z Zagłębiem Lubin. Rok później Korona osiągnęła swój największy sukces – po pokonaniu w półfinale Wisły Płock awansowała do finału. W nim spotkała się z Dyskobolią Grodzisk Wielkopolski. Mecz został rozegrany 1 maja 2007 roku w Bełchatowie i zakończył się zwycięstwem rywali 2:0.
Korona Kielce rozegrała dotychczas 84 mecze w Pucharze Polski. Wygrała 49 z nich (58,3%), zremisowała siedem i 28 przegrała.
Ponadto Korona Kielce pięciokrotnie wywalczyła Puchar Polski na szczeblu okręgu.