W 1910 roku przeniósł się na politechnikę w Monachium, gdzie jednym z jego wykładowców był wybitny architekt i urbanista Theodor Fischer. Jego prace odrzucające historyzm i secesję, uwzględniające jednocześnie miejscowe czynniki topograficzne i kulturowe, a także społeczny odbiór architektury, mocno zainspirowały młodego projektanta. W 1912 roku Erich Mendelsohn otrzymał dyplom architekta.
Już jako student ekonomii Erich Mendelsohn zajmował się działalnością artystyczną. Uprawiał malarstwo olejne i grafikę, a także tworzył dekoracje wystaw sklepowych, malował plakaty oraz projektował stroje na bale karnawałowe. W Monachium Mendelsohn zetknął się z członkami grup ekspresjonistycznych Błękitny Jeździec (Der Blaue Reiter) i Die Brücke. W 1911 roku, w trakcie studiów na monachijskiej politechnice, olsztyńska gmina żydowska poprosiła go o zaprojektowanie domu przedpogrzebowego przy cmentarzu żydowskim. Dwa lata później dom przedpogrzebowy „Bet Tahara” będący pierwszym projektem Mendelsohna został ukończony. W latach 1912–1914 prowadził własną pracownię architektoniczną w Monachium. W 1915 roku ożenił się z poznaną w trakcie studiów w Monachium Luise Maas, z zawodu wiolonczelistką. Ze związku z nią miał córkę Marie Luise Esther.