Od 12 lipca 1957 roku, po otwarciu portu lotniczego Nowosybirsk-Tołmaczowo, Nowosybirsk-Siewiernyj obsługiwał wyłącznie przewozy regionalne i lokalne.
W latach dziewięćdziesiątych zainteresowanie nimi spadło, a Nowosybirsk-Siewiernyj zaczął wykazywać straty. Niezależne kontrole wykazały nieprawidłowości w zarządzaniu finansami portu lotniczego.
Lotnisko przejęła spółka Nowosybirsk Awia (ros. ОАО „Новосибирск Авиа”), odpowiedzialna za lokalne przewozy. 21 stycznia 2004 roku ogłosiła upadłość. Następnie wdrożono plan ratowania spółki i portu lotniczego, zakończony powodzeniem.
W sierpniu 2008 roku w porcie lotniczym Nowosybirsk-Siewiernyj odbyły się I Mistrzostwa Świata w pilotażu samolotu Jak-52.
W 2010 roku Nowosybirsk Awia ponownie ogłosiła upadłość. Od 1 lutego port lotniczy nie przyjmował samolotów, a jego majątek został wyprzedany. 14 lutego 2010 roku majątek Nowosybirsk Awia (do którego należały budynki lotniska, pasy startowe i grunt) przejęła moskiewska spółka „Lira”. Maszyny Ministerstwa Obrony, które znajdowały się na terenie portu Nowosybirsk-Siewiernyj, zostały przetransportowane na lotnisko Nowosybirsk-Tołmaczowo.