3 lipca 1905 roku wieża kościoła spłonęła od uderzenia piorunaPiotr Celej Miejsca, których już nie ma. Stare Miasto na przedwojennych fotografiach [dostęp 31.05.2014].thumb|220px|left|Kościół św. Katarzyny, druga połowa XVIII wiekuPodczas walk o Gdańsk w 1945 r. pożar zniszczył ołtarz główny z 1613 r. autorstwa Simona HerlegoBartnicka-Górska H. i in. (red.), 1979, hasło "Herle Simon" w: Słowniku artystów polskich i obcych w Polsce działających, tom III. Zakład Narodowy im. Ossolińskich. Polska Akademia Nauk, strona 52. oraz dachy, hełm na wieży i część sklepień. W 1953 roku podczas sztormu runął szczyt wschodni nawy południowej prezbiterium. Wkrótce rozpoczęto trwającą kilkadziesiąt lat odbudowę. Do 1958 roku odtworzono część korpusu, szczyty nad prezbiterium i w kaplicach południowych. W 1967 r. ukończono nawę kościoła. Sklepienia naw bocznych zrekonstruowano w latach 1971–1973. W latach 1974–1979 przeprowadzono rekonstrukcję hełmu wieżowego. Pozostałą część sklepień zrekonstruowano w latach 1980–1982.
W wieży kościelnej mieści się Muzeum Zegarów Wieżowych, oddział Muzeum Historycznego Miasta Gdańska.