Przebieg pasma Wyróżnia się w nim dwie części: część zachodnia – od doliny Jaworowego Potoku po Przełęcz Magurską. Rozpoczyna się na zachodzie nad Jurgowem wzniesieniem Górków Wierch (1046 m) i biegnie w południowo-wschodnim kierunku poprzez Suchy Wierch (1126 m), Rzepisko (1252 m) i Przysłop (1214 m). Na tym odcinku grzbiet Magury Spiskiej jest równocześnie granicą Tatrzańskiego Parku Narodowego, Słowacy bowiem południowo-zachodnią część Magury Spiskiej włączyli w obszar tego parku. Od Przysłopu kręty grzbiet pasma biegnie ogólnie we wschodnim kierunku przez wierzchołki Priehrštie (1209 m), Magurka (1193 m), Slodičovský vrch (1167 m), Smreczyny (1157 m) i Spádik (1088 m) do Przełęczy Magurskiej (949 m). część wschodnia – od Przełęczy Magurskiej po dolinę Popradu. Z Przełęczy Magurskiej grzbiet biegnie dalej w kierunku północno-wschodnim, obniżając się poprzez Jawor (ok. 970 m) do Przełęczy Toporzeckiej (802 m). Od przełęczy grzbiet znów wznosi się poprzez Kamieniarkę (935 m), Riniavę (1005 m) i Plontanę (1040 m) na Wietrzny Wierch (1111 m). Na nim pasmo rozgałęzia się na kilka krótkich grzbietów opadających do miejscowości Wyżne Rużbachy, do Kamionki i do Przełęczy Stráňanské sedlo.