W 1959 roku trafił na 15-20 lat do więzienia za handel narkotykami. Zbiegiem okoliczności trafił do tego samego zakładu karnego co Genovese. W roku 1962 doszło do dziwnego zdarzenia między nimi. W trakcie pobytu w więzieniu Valachi doszedł do przekonania, że Genovese podejrzewał go o to, że został informatorem policji. Na domiar złego boss (Genovese) 'obdarzył' go 'pocałunkiem śmierci' (tak to mu się wydawało) na znak, że ma go niebawem zabić. Przestraszony Valachi – za pomocą kawałka metalowej rury – zamordował 22 lipca 1962 roku współwięźnia o nazwisku Joe Sauppa. Jak się później okazało niedoszłym zabójcą Valachiego miał być Joe Beck (Joe DiPalermo); spanikowany Valachi pomylił napastników. Za to zabójstwo dostał karę dożywotniego pozbawienia wolności. Zdesperowany Valachi postanowił zostać (ostatecznie) informatorem policji (władz federalnych).
Wiele zeznań złożonych przez Valachiego nie zgadzało się z faktami; twierdził, że za śmiercią Petera Morello stał cyngiel "Buster z Chicago" – a tak naprawdę został on zastrzelony przez Alberta Anastasię i Franka Scalise na polecenie Luciano.