Rozbudowa i barokizacja Wojny husyckie zahamowały dalszą budowę kościoła na kilkanaście lat, którą wznowiono dopiero po 1458 roku. Do 1468 roku gotowa już została główna nawa oraz wieża południowa, zwana Białą, na której murach (narożnik południowo-wschodni wieżyczki schodowej) znajduje się znak krzyża maltańskiego i data 1465. Prawdopodobnie wtedy miało miejsce wznowienie prac budowlanych po kolejnej przerwie. Budowę wieży północnej, zwanej Czarną, rozpoczęto w 1487 roku. Wysokością nie dorównywała wieży południowej, a jej budowę doprowadzono do poziomu przedostatniego gzymsu sąsiedniej, a zakończono ją przypuszczalnie ok. 1522 roku.
Wcześniej, bo w 1482 roku zakończono budowę Ogrójca przy portalu północnym, a w 1490 roku – naw bocznych. Kaplica św. Jakuba powstawała w latach 1500–1501. Pół wieku później pokryto nawę główną sklepieniem murowanym. Do tego czasu istniał drewniany strop.
W okresie reformacji mimo zamieszek i waśni budowę kontynuowano. W latach 1562–1591 kościół znajdował się w rękach protestantów, chociaż joannici zachowali dla katolickich nabożeństw nawę południową oraz kaplicę św. Jakuba. Świątynia uległa uszkodzeniu podczas wojny trzydziestoletniej.