Duchowny W 2000 r. odbył formację klerycką w Wyższym Seminarium Duchownym Archidiecezji Krakowskiej w Krakowie i przyjął święcenia kapłańskie w Kościele rzymskokatolickim z rąk kardynała Franciszka Macharskiego. W 2003 r. zerwał jednak z celibatem. Został ekskomunikowany przez ordynariusza archidiecezji krakowskiejPiąta kolumna. Fakty i Mity 43 (190)/2003. s. 5.. Wstąpił do Kościoła Polskokatolickiego w RP i podejmował starania o przyjęcie w poczet duchowieństwa tego wyznania. W ostatnich latach życia był zaangażowany w organizację Chrystusowego Kościoła Katolickiego Obrządku Słowiańskiego i Bractwa Kapłańskiego Świętych Cyryla i Metodego Apostołów Narodów Słowiańskich.
Współpraca ze Służbą Bezpieczeństwa W 1986 r. jako pracownik naukowy Uniwersytetu Jagiellońskiego i ważny działacz krakowskiego komitetu Stronnictwa Demokratycznego, Andrzej Pankowicz został zwerbowany przez SB. W 1987 r. został tajnym współpracownikiem Służby Bezpieczeństwa (nr rej. 32947).