Według wspomnień biskupa Sergiusza (Łarina) był wielkim przeciwnikiem mnichów, wypędzał z terytorium swojej eparchii duchownych Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego i pisał przeciwko nim pamflety. Wykazywał przy tym znaczne zdolności administracyjne.
W końcu lat 30. XX wieku władze radzieckie przeprowadziły niemal całkowitą likwidację struktur Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego oraz innych związków wyznaniowych, w tym lojalnej wobec komunistów Żywej Cerkwi. W odróżnieniu jednak od większości duchownych, Wasilij Kożyn został w 1936 jedynie aresztowany na siedem miesięcy, a następnie zwolniony.
W kwietniu 1945 duchowny złożył akt pokutny przed patriarchą Aleksym I i został przyjęty do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego jako protoprezbiter. Jego małżonka zmarła wcześniej;