Malcew ukończył kurs przygotowujący do zawodu księgowego i do 1942, do śmierci żony, pracował w tym charakterze w Kineszmie. Następnie przeniósł się domu rodzinnego w Wołogdzie, gdzie mieszkał razem z matką i dwiema siostrami. Według innego źródła od 1937 do 1943 był więźniem łagrów Иустин (Мальцев Иван Николаевич).
1 października 1944 ks. Malcew został ponownie przyjęty do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Pozwolono mu zachować godność protoprezbitera uzyskaną w Żywej Cerkwi oraz powierzono zadania proboszcza parafii przy cmentarnej cerkwi w Wołogdzie.
5 stycznia 1945 złożył wieczyste śluby mnisze, zaś trzy dni później został wyświęcony na biskupa wołogodzkiego i czeriepowieckiego. W okresie administrowania przez niego eparchią otwarto w niej 17 nowych świątyń, bez powodzenia działał również na rzecz reaktywacji seminarium duchownego w Wołogdzie oraz jednego z wołogodzkich monasterów. W 1949 biskup Justyn został przeniesiony na katedrę pskowską, jednak już po dwóch miesiącach wyznaczono go na biskupa kazańskiego i czystopolskiego. W tym okresie był już ciężko chory; jako biskup kazański odprawił jedynie trzy Święte Liturgie, po czym choroba przykuła go do łóżka. W 1950 otrzymał oficjalny urlop;