28 maja 1910 został ponownie zatrudniony w Kazańskiej Akademii Duchownej w katedrze teologii pasterskiej i homiletyki. Po trzech latach przeszedł do katedry języków rosyjskiego i cerkiewnosłowiańskiego. 23 kwietnia 1916 otrzymał godność archimandryty i miał zostać przełożonym monasteru św. Jana Chrzciciela w Kazaniu, odmówił jednak przyjęcia tej godności.
Po zamknięciu Kazańskiej Akademii Duchownej przez bolszewików przez pewien czas działała ona w podziemiu, zaś archimandryta Atanazy kontynuował w niej pracę dydaktyczną. W odróżnieniu od znacznej części duchowieństwa kazańskiej nie wyjechał z Kazania we wrześniu 1918 razem z wycofującymi się siłami zbrojnymi Komucza.
20 listopada 1920 miała miejsce jego chirotonia na biskupa czeboksarskiego, wikariusza eparchii kazańskiej i swijaskiej, którą przeprowadzili na polecenie ordynariusza eparchii, metropolity Cyryla biskup czystopolski Anatol (Hrysiuk) oraz biskup mamadyski Joazaf (Udałow). Pod nieobecność metropolity Cyryla, przetrzymywanego przez władze radzieckie w Moskwie, razem z biskupami Anatolem i Joazafem zarządzał do 1922 eparchią kazańską. W wymienionym okresie zwalczał ruch Żywej Cerkwi.