Tym razem jednak okazała się lepsza od drużyny Piasta Kobylin osiągając historyczny, pierwszy awans do III ligi. W sezonie 2007/2008 klub z Wągrowca zagrał w III lidze gr. 2 z m.in. Mieszkiem Gniezno, TKP Toruń czy też Kaszubią Kościerzyna plasując się ostatecznie na 3 pozycji. Po reorganizacji rozgrywek w 2008 r. zespół z Wągrowca zagrał w II lidze gr. zachodniej z m.in. Zawiszą Bydgoszcz, Zagłębiem Sosnowiec, Rakowem Częstochowa czy też Turem Turek. W drugiej lidze drużyna z Wągrowca grała przez kolejne 4 sezony, aż do roku 2012. Odnotowując w tym czasie swoje najwyższe osiągnięcie w futbolu ligowym, kiedy to w inauguracyjnym sezonie Nielba zajęła 4. miejsce.
27 sierpnia 2008 klub odniósł historyczny sukces eliminując z Pucharu Polski Śląsk Wrocław, po zwycięstwie 1-0. Zwycięską bramkę zdobył Tomasz Mikołajczak. W 1/16 wągrowiecki zespół odpadł jednak z rozgrywek po porażce 0-3 z warszawską Polonią na własnym stadionie. Do dzisiaj udział na tym poziomie rozgrywek pucharowych jest największym sukcesem Nielby w Pucharze Polski.