W 2007 roku Hernández odszedł do chilijskiego CSD Colo-Colo. W tym samym roku zdobył z nim mistrzostwo fazy Apertura oraz Clausura. W 2008 roku wrócił do Kolumbii, gdzie został graczem klubu Atlético Junior. W 2010 roku zdobył z nim mistrzostwo fazy Apertura.
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Kolumbii Hernández zadebiutował w 1997 roku. W 2001 roku został powołany do kadry na Copa América. Na tamtym turnieju, wygranym przez Kolumbię, zagrał w meczach z Wenezuelą (2:0), Ekwadorem (1:0), Chile (2:0), Peru (3:0), Hondurasem (2:0) i Meksykiem (1:0). W spotkaniu z Peru strzelił także gola.
W 2003 roku uczestniczył w Pucharze Konfederacji. Wystąpił na nim w pojedynkach z Francją (0:1), Nową Zelandią (3:1), Japonią (1:0), Kamerunem (0:1) i Turcją (1:2). W spotkaniach z Nową Zelandią, Japonią i Turcją zdobył po jednej bramce. Tamten turniej Kolumbia zakończyła na 4. miejscu.
W tym samym roku Hernández znalazł się w zespole na Złoty Puchar CONCACAF. Zagrał na nim w meczach z Jamajką (1:0), Gwatemalą (1:1) i Brazylią (0:2).