W 1741 powstała trzecia loża w historii Portugalii założona przez szlifierza diamentów szwajcarskiego pochodzenia (obywatela Wielkiej Brytanii) Johna Coustosa, która jednoczyła około trzydziestu cudzoziemców mieszkających w PortugaliiWśród braci znaleźli się w większości Francuzi i Brytyjczycy, ale również Belg, Holender i Włoch. Z zawodu byli kupcami i handlarzami, a także szlifierzami metali szlachetnych.. Poza wielkim mistrzem Coustosem loża skupiała w większości katolików. W 1743 loża została zadenuncjowana Świętej Inkwizycji, a jej bracia aresztowani, poddani torturom i skazani (w tym na karę galery). W wyniku interwencji czynników zewnętrznych zwolniono ich pod warunkiem wyjazdu z kraju. W wyniku procesu działalność masonerii w kraju osłabła na dwa dziesięciolecia. Za rządów markiza Pombala, który sam był masonem inicjowanym poza granicami kraju, wolnomularstwo cieszyło się tolerancją władz. Od 1763 działała w Lizbonie loża angielska, a także francuska i mieszana: wojskowo-cywilna. W 1768 powstała loża w Funchal skupiająca lokalną szlachtę i burżuazję (na jakiś czas uśpiona i obudzona w 1779). Pod koniec XVIII wieku istniały również loże w Coimbrze, Valença i Porto. W latach 1791–1792 nastąpiły ponownie prześladowania masonerii, które zakończyły się likwidacją lóż.