Odznaczenia i wyróżnienia W 2004 odznaczona Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski.. W 2011 prezydent Bronisław Komorowski, za wybitne osiągnięcia w pracy naukowo-badawczej i działalności dydaktycznej, za zasługi na rzecz popularyzacji i rozwoju nauki w Polsce, odznaczył ją Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą tego orderu. 21 października tego samego roku została Kanclerzem Kapituły Orderu Odrodzenia Polski. Pełniła tę funkcję do 2015.
Wyróżniona Nagrodą „Problemów”, Nagrodą im. Profesora Hugona Steinhausa, Fenomenem „Przekroju”, Nagrodą im. Stefanii Światłowskiej (przyznawaną przez środowisko VI Liceum Ogólnokształcącego im. Tadeusza Reytana w Warszawie), a także Medalem Filca (nagrodą przyznawaną przez Szkołę Matematyki Poglądowej za wykład na tej konferencji). W 2023 otrzymała Medal PAN im. Mikołaja Kopernika.
W 2017 ukazała się książka Ireny Cieślińskiej w formie wywiadu rzeki pt. Pani inżynier od życia. Rozmowa z Magdaleną Fikus (Wydawnictwo Czarne, Wołowiec 2017, , seria: „Bez pośpiechu”).