Opowiadał się za zbliżeniem Polski do struktur NATO i jak najszybszym opuszczeniem terytorium Polski przez jednostki armii rosyjskiej oraz weryfikacją kadry dowódczej Wojska Polskiego pod kątem jej poparcia dla integracji z NATO. Popadł w konflikt z prezydentem Lechem Wałęsą dążącym do utrzymania osobistej kontroli prezydenta nad siłami zbrojnymi.
Jedną z pierwszych decyzji personalnych na stanowisku ministra było przeniesienie w stan spoczynku poprzedniego ministra, wiceadmirała Piotra Kołodziejczyka. Decyzja ta odbyła się bez konsultacji z prezydentem Lechem Wałęsą, który planował powołać byłego ministra na stanowisko generalnego inspektora SZ (stanowisko to nigdy nie zostało utworzone). 6 kwietnia 1992 Jan Parys wygłosił na spotkaniu z oficerami Sztabu Generalnego WP oświadczenie, w którym mówił o niekonsultowanych z nim spotkaniach polityków z oficerami WP i oferowaniu im wysokich stanowisk dowódczych w zamian za poparcie wojska dla działań politycznych. W swoich wypowiedziach krytykował głównie prezydenta i ministrów z Kancelarii Prezydenta RP: Mieczysława Wachowskiego i Jerzego Milewskiego. Powołana przez Sejm komisja pod przewodnictwem Aleksandra Bentkowskiego (z PSL), badająca problemy poruszone w wypowiedzi Jana Parysa, stwierdziła, że zarzuty postawione przez ministra były bezzasadne.