Sam język webMethods Flow składa się z kilku kluczowych elementów programistycznych takich jak: INVOKE – wywołanie innej usługi MAP – wykonanie mapowania danych z możliwością wykonania transformacji danych przy użyciu innej funkcji lub usługi SEQUENCE – blok kodu z definicją warunku przerwania wykonywania bloku LOOP – pętla BRANCH – krok warunkowy EXIT – wyjście z bloku kodu lub serwisu z możliwością sygnalizacji wyjątku REPEAT – powtarzanie określonej sekwencji instrukcji z możliwością definiowania ilości powtórzeń oraz czasowych odstępów pomiędzy powtórzeniami
Za pomocą webowego interfejsu użytkownika Integration Server udostępnia narzędzia administracyjne, konfiguracyjne i monitorujące.
Cechy produktu Języki programowania: Java webMethods Flow webMethods DSP (Dynamic Server Pages) C/C++ SQL (poprzez adapter)
Podstawowe protokoły/standardy: HTTP/HTTPS FTP/FTPS (FTPS od wersji 6.5) Web Services/SOAP (SOAP 1.1 do wersji 6.5) XML LDAP SMTP
Dodatkowe protokoły/standardy (poprzez adaptery): EDI/Flatfiles XSLT JMS (Java Messaging Service) IBM WebSphere MQ EDIINT RosettaNet Microsoft .NET SAP Siebel PeopleSoft Remedy
webMethods Integration Server zawiera wbudowany Apache Tomcat lub JBoss J2EE dla zgodności z webowym lub pełnym profilem Java EE/JEE (dawniej J2EE) (JSP/Servlets, EJB).