W latach 1997 i 1998 stadion dostosowano do wymogów UEFA I FIFA. Prace polegały na zamontowaniu krzesełek na wszystkich trybunach, usunięciu ogrodzeń, podzieleniu widowni na sektory I montażu kamer bezpieczeństwa. Ograniczyło to dopuszczalną liczbę kibiców z 38 000 do 25 885.
W roku 2006 ogłoszono projekt gruntownej przebudowy El Molinón zarówno od wewnątrz, jak i z zewnątrz. Autorem koncepcji był Joaquín Vaquero Turcios. Środki finansowe pochodzą ze sprzedaży lokali znajdujących się wewnątrz trybun (prywatny inwestor uzyska prawa do zarządzania nimi) i z kasy miejskiej. Projekt zakłada między innymi wzmocnienie konstrukcji, powiększenie niektórych części trybun, wymianę dachu i wszystkich krzesełek, budowę nowych szatni, poprawę infrastruktury w strefie dla mediów i sali do wywiadów. Po wprowadzeniu tych zmian stadion należeć będzie do trzeciej kategorii UEFA.