Kariera trenerska Garcia w 1994 roku zakończył karierę piłkarską i zaczął pracę jako trener w Corbeil-Essonnes. Pięć lat później trafił na miejsce asystenta trenera w AS Saint-Étienne. Dwa lata później został trenerem na jeden sezon, ponieważ po roku (2002) przeszedł do Dijon FCO. Trenował tam graczy najdłużej – do 2007, kiedy trafił w do Le Mans FC. Od 2008 był trenerem Lille OSC. W 2011 roku przedłużył kontrakt z Lille OSC do 2014 roku. Po sezonie 2012/13 zakończył pracę w klubie.
W maju 2013 roku był jednym z głównych kandydatów na trenera Malagi, a 12 czerwca ogłoszono, że zostanie nowym trenerem Romy, pokonując w walce o stanowisko Marcelo Bielsę.
20 października 2016 został trenerem francuskiego klubu Olympique Marsylia.
14 października 2019 otrzymał nominację na trenera Olympique Lyon.