Zginęło dziesięcioro Arabów, w tym pięcioro dzieci.
Podczas wojny o niepodległość w dniu 11 czerwca 1948, na rozkaz Dawida Ben Guriona zebrał duże siły wojskowe na plaży Tel Awiwu i otworzył ogień z karabinu maszynowego do statku „Altalena”, który przewoził nielegalną broń dla Irgunu. Statek zapalił się. Allon twierdził później, że wystrzelono tylko pięć lub sześć pocisków jako strzały ostrzegawcze, a statek został trafiony przypadkowo. Następnie Allon dowodził w kilku głównych operacjach wojskowych: operacji Danny (9–18 lipca 1948), operacji Jo’aw (15–22 października 1948) i operacji Horew (22 grudnia 1948 – 7 stycznia 1949).
Po wojnie został szefem Dowództwa Południowego. W dniu 4 czerwca 1949 wydał rozkaz, że strefa o szerokości 8 kilometrów wzdłuż granicy z Egiptem i Transjordanią będzie zamkniętą strefą wojskową, w której „wszyscy obcy zostaną rozstrzelani bez przesłuchania”. 25 października, podczas swojej nieobecności w kraju, został zastąpiony na stanowisku przez Moszego Dajana. W proteście większość jego oficerów zrezygnowało ze służby.