Pamięć masowa 8 GB (wersja Basic) i 32 GB (wersja Deluxe (USA)/Premium (Europa) oraz Basic (Japonia, od 2015 roku)) wewnętrznej pamięci typu Flash, rozszerzalnej przy pomocy kart SD, port obsługuje karty SDHC do 32 GB (w trybie Wii) oraz poprzez port USB obsługujący dyski twarde do 2 TB (tylko tryb Wii U ) szczelinowy Napęd optyczny obsługujący specjalne 12 cm dyski optyczne wysokiej gęstości (25 GB na warstwę) oraz 12 cm dyski optyczne systemu Wii. Wii U nie jest kompatybilne z dyskami GameCube.
Porty oraz akcesoria czytnik kart SDHC porty USB 2.0 (dwa z przodu, dwa z tyłu) port Sensor Bar port wizji "AV Multi Out" (obsługa trybów composite video, RGB i component) port HDMI możliwe podłączenie adaptera Ethernet-USB, aby połączyć się z internetem przewodowo.