Po dziesięciu latach służby w Wiatce objął katedrę astrachańską i jenotajewską.
W czasie I wojny światowej biskup Filaret regularnie odprawiał w Astrachaniu nabożeństwa w intencji zwycięstwa Rosjan w wojnie. Jego eparchia i podległe jej instytucje (w tym monastery) przekazywały znaczące sumy na cele wojskowe oraz na cele pomocy bieżeńcom.
W 1916 biskup Filaret został odsunięty od zarządu eparchii i przeniesiony w stan spoczynku wskutek konfliktu z przełożonym Monasteru Czurkińskiego o dysponowanie cerkwią św. Mikołaja w obrębie klasztoru. Duchowny zamieszkał początkowo w Wołdińskim Monasterze Opieki Matki Bożej w Astrachaniu, następnie przeniósł się do Monasteru Żełtykowskiego w Twerze, którego został przełożonym. Funkcję tę sprawował do lutego 1919, gdy nakazano mu przeniesienie się do monastyru Dońskiego w Moskwie. We wrześniu tego samego roku powierzono mu zarząd eparchii samarskiej, który sprawował do 1921. Według badań metropolity Manuela (Lemieszewskiego) w tym samym roku zmarł. Istnieje również wersja, iż duchowny zmarł w roku następnym na zesłaniu do regionu