W 2003 władze Uniwersytetu Wrocławskiego, po ponad pięćdziesięcioletniej przerwie, podjęły decyzję o reaktywacji kierunku studiów, tworząc Zakład Muzykologii przy Instytucie Kulturoznawstwa. Jego kierownikiem został prof. dr hab. Maciej Gołąb. W 2009 placówka stała się jako Katedra Muzykologii samodzielną jednostką na Wydziale Nauk Historycznych i Pedagogicznych UWr, kształcąc absolwentów na wszystkich rodzajach studiów stacjonarnych. W 2015 roku Katedra została przekształcona w Instytut Muzykologii.
U podstaw programowej idei reaktywowanej placówki leżało założenie, by stanowiła ona nie tylko kontynuację badań regionalnych, lecz odzwierciedlała kilka istotnych trendów współczesnej muzykologii. W pracach dydaktycznych Instytutu wyróżnić można korpus zajęć dydaktycznych nad historią muzyki powszechnej i polskiej od XVI do XXI wieku (także tradycji muzycznych Wrocławia i Dolnego Śląska, od średniowiecza po czasy współczesne). Do wykładanych przedmiotów i możliwych specjalizacji należy antropologia, etnomuzykologia Polski i ta związana z kulturami pozaeuropejskimi. Instytut prowadzi podyplomowe studia nad współczesną audiosferą w kontekście badań kulturoznawczych i socjologiczno-muzycznych.