Przez następne dwa i pół roku Skrzyński regularnie występował w podstawowym składzie krakowskiego zespołu; zdobył także drugiego gola w I lidze, w meczu przeciwko Amice.
Kilka miesięcy przed wygaśnięciem jego kontraktu z Cracovią nikt nie podjął rozmów na temat jej przedłużenia. Skrzyński w styczniu 2008 nie poleciał także na zgrupowanie na Cypr. W rundzie wiosennej sezonu 2007/2008 pozostawał bez klubu. Latem 2008 zainteresowanie nim wyraził m.in. GKP Gorzów Wielkopolski, trenował także z Polonią Warszawa, z którą 21 sierpnia 2008 podpisał roczny kontrakt. Zadebiutował w niej we wrześniu, a w sezonach 2008/2009 i 2009/2010 był jej podstawowym obrońcą. Wraz z końcem 2010 roku klub zdecydował nie przedłużać z nim umowy.
W lipcu 2011 roku został zawodnikiem pierwszoligowego Zawiszy Bydgoszcz. Od razu stał się najpewniejszym punktem drużyny i został kapitanem zespołu. W sezonie 2012/2013 wywalczył z klubem awans do Ekstraklasy.
Po sezonie 2013/2014 zakończył piłkarską karierę i został dyrektorem sportowym w ZawiszyMiałem „karierę”, a nie „przygodę z piłką” – rozmowa z Łukaszem Skrzyńskim, kapitanem Zawiszy Bydgoszcz..