Wilhelm Ebstein (ur. 27 listopada 1836 w Jaworze, zm. 22 października 1912 w Getyndze) – niemiecki lekarz żydowskiego pochodzenia.
Życiorys Wilhelm Ebstein pochodził z niemiecko-żydowskiej, kupieckiej rodziny z Dolnego Śląska. Studiował medycynę we Wrocławiu, gdzie jego nauczycielem był m.in. Friedrich Theodor von Frerichs oraz w Berlinie pod okiem Rudolfa Virchowa i Moritza Heinricha Romberga. Studia ukończył w 1859 r. i podjął pracę we wrocławskim Szpitalu Wszystkich Świętych. W 1868 r. został ordynatorem w miejskim przytułku dla ubogich. W 1869 roku habilitował się, a w 1874 r. został mianowany profesorem w klinice chorób wewnętrznych w Getyndze. Z wielką energią i zaangażowaniem poświęcił się dydaktyce, badaniom naukowym oraz rozbudowie szpitala. Odszedł na emeryturę w 1906 r.
Do jego naukowych zainteresowań należały choroby metaboliczne. Za życia był uważany na całym świecie za jednego z najważniejszych specjalistów w tej dziedzinie. Autor 237 artykułów naukowych z dziedziny medycynyMazurak, w tym 12 dotyczących kardiologii. Mimo to znany jest najbardziej z opisanej podczas pracy we Wrocławiu w 1864 r. rzadkiej wrodzonej wady zastawki trójdzielnej serca znanej jako anomalia Ebsteina. Artykuł ten za jego życia pozostał niezauważony, a dopiero w 1927 r.