Nie jest pewne, ale antykwariusz Henryka VIII Tudora, John Lelland, dowodził, że zamek Dolbadarn był przez jakiś czas więzieniem, w którym Llywelyn Wielki przetrzymywał swojego brata Owaina ap Gruffudd podczas walk o kontrolę nad księstwem Gwynedd. Od roku 1250 Owain spędził w baszcie prawie 20 lat jako więzień swojego brata, przypuszczalnie na trzecim poziomie wieży.

Podczas zmagań o utrzymanie świeżo zdobytej państwowości, zamek Dolbadarn był broniony przez jednego z braci Llywelyna Dafydda ap Gruffudd. Jednak zamek i załoga uległa armii księcia Pembroke w 1283, kilka miesięcy później Llywelyn ap Gruffud, ówczesny książę Walii został podstępnie zwabiony w pułapkę i zgładzony przez anglików. Podobne losy spotkały księcia Dafydda ap Gruffudd, który schronił na wyżynie Carneddau. Gdzie został pojmany przez Anglików w czerwcu 1283, przewieziony do Shrewsbury, i stracony.

Podczas dwóch lat zamek stał opuszczony, a elementy drzewne używane do budowy pobliskiego zamku Caernarfon.