Wnętrze kościoła otrzymało z pocz. XVI w. gotyckie freski, pędzla br. Franciszka z Sieradza. Dobudowano wały i fosy, oraz most. W latach 1610–1612 powiększono kościół poprzez dobudowanie kaplicy św. Anny. Z czasem kościół stracił swój gotycki charakter, przekształcając się w renesansowy (okna, portale, ołtarze). Jednak decydujące piętno na budowli wycisnął wiek XVII i styl barokowy. Powstały nowe ołtarze, organy, ambona, stalle i konfesjonały. Powstała również druga wieża. W takiej postaci kościół przetrwał do naszych czasów. W latach 1756–1762 kościół i kaplica św. Anny zostały pokryte nową dekoracją ścienną przez br. Walentego Żebrowskiego.
Przez wieki w warckim klasztorze istniało sanktuarium maryjne. Przedmiotem kultu był tryptykowy obraz Wniebowzięcia NMP, pędzla br. Franciszka z Sieradza. Z czasem kult ten osłabł. Niegasnącym natomiast zainteresowaniem cieszy się nabożeństwo do Sługi Bożego, Rafała z Proszowic, zwanego w okolicy błogosławionym. Rafał, wielokrotny prowincjał, właśnie w Warcie odszedł do Pana w 1534 r., w czasie gdy wizytował wielkopolskie klasztory.