Budowa katedry w São Thomé das Letras rozpoczęła się w 1785 r. W końcowej fazie została ozdobiona obrazami w stylu brazylijskiego baroku, namalowanymi przez Joaquima Joségo da Natividade.
W XIX w. okoliczni farmerzy budowali w São Thomé das Letras domy, których używali w okresach świątecznych, pozostawiając je na resztę roku puste.
Wydobycie kwarcytu rozpoczęło się na początku XX wieku i stało się podstawą gospodarki miasta.
Jeden z obrazów Joaquima Joségo da Natividade został skradziony w 1991 r.
Zjawiska geologiczne São Thomé das Letras jest typowym prowincjonalnym miastem, zbudowanym na tak bogatych złożach kwarcytu, znanego jako kamień świętego Tomasza (używanego szeroko na obramowania basenów pływackich), że został wykorzystany do budowy niektórych domów w mieście i brukowania ulic. Obecnie powszechnie jest używany przez miejscowych rzemieślników do wyrobu drobnych wyrobów takich, jak małe domki z kamienia, sprzedawanych turystom jako pamiątki.