W latach 1936–1940 ekspozycje zostały przeniesione do budynku po szkole fryderycjańskiej przy ul. Szkolnej (obecnie ul. Lisowskiego). Zwiedzający mogli zobaczyć zabytki ilustrujące dzieje miasta i regionu od paleolitu po współczesność.
Po II wojnie światowej na bazie niemieckiego Heimatmuseum utworzone zostało Muzeum Miejskie w Zielonej GórzeA. Cincio, Historia Muzeum w Zielonej Górze, s. 35.. Wystawy w budynku muzeum przy ul. Lisowskiego pozostały jedynie nieznacznie zmienione w stosunku do okresu przedwojennego, co było mocno krytykowane przez lokalną prasę. Zbiory muzealne ponownie udostępniono publiczności w czerwcu 1946 roku. W 1950 roku muzeum w Zielonej Górze upaństwowiono, włączając je jako Muzeum Regionalne do poznańskiego okręgu muzealnego. W 1957 roku placówka stała się Muzeum Okręgowym, a więc jednostką nadrzędną dla pozostałych muzeów zlokalizowanych w utworzonym w 1950 roku województwie zielonogórskim. W 1959 Muzeum Okręgowe w Zielonej Górze uzyskało dla swoich potrzeb gmach po Starostwie Powiatowym, który użytkuje do chwili obecnej.