Otrzymał przydomek „Szef”, który zachował do końca życia (Syme miał przydomek „Mistrz”).
Gdy Lister skończył rezydenturę (koniec 1854), podjął starania o stanowisko młodszego chirurga w w Londynie (w pobliżu rodziny, za którą tęsknił). Nie powiodły się z powodu zbyt silnej konkurencji i sporów personalnych. Ponowne zatrudnienie przez Syme’a (na etacie asystenta) stało się możliwe po wybraniu Listera na członka (uzyskał prawo praktykowania chirurgii w Edynburgu). Wkrótce zaczął być zapraszany do domu Syme’a i na rodzinne wyjazdy. Poznał m.in. córkę przełożonego, Agnes, która – mimo trudności związanych z różnicą wyznania – została jego żoną 23 kwietnia 1856 roku. Została też wytrwałą współpracowniczką, która m.in. sumiennie notowała jego uwagi, gdy dokonywał obserwacji mikroskopowych. Zajmował się wówczas głównie zmianami zapalnymi w żywych tkankach żab, złowionych nad . W roku 1858 ukazało się dziewięć artykułów przedstawiających wyniki badań (w pierwszych trzech latach małżeństwa łącznie 15 artykułów).