Próbę usystematyzowania nazw organizmów podjął Arystoteles. W swoich „Zoologii” i „O częściach zwierząt” ujął wiele nazw zwierząt. Wprowadził pojęcia rodzaju i gatunku. Opisy roślin, zwłaszcza ziół, umieszczano w starożytnych tekstach w różnych kulturach. Klasyczny starogrecki zbiór zawierający opis około 500 roślin znajduje się w dziele „Περὶ φυτῶν ἱστορία” („Historia plantarum”) Teofrasta z około 300 roku p.n.e. Jednym ze starożytnych dzieł zawierającym opisy ponad 600 roślin jest „Περὶ ὕλης ἰατρικῆς”, traktat farmaceutyczny Dioskurydesa znany pod łacińskim tytułem „De materia medica”. Rośliny lecznicze zostały w nim opisane w porządku alfabetycznym wraz z synonimami. Traktat ten był następnie kopiowany i tłumaczony, jak również uzupełniany, wchodząc do kanonu wiedzy bizantyjskiej, arabskiej i średniowiecznej, a w 1499 został wydrukowany.
Kodeksy zawierające krajowe nazwy biologiczne pojawiały się już w średniowieczu. W większości były to herbarze odnotowujące – często pod lokalnymi oznaczeniami – botaniczne nazwy. Powstające dzieła w zdecydowanej większości dotyczyły wyłącznie ziół, które były traktowane jako spisy dla medyków.