20 grudnia 2005 prezydent Compaoré został zaprzysiężony na kolejną kadencjęBurkina Faso's long-time leader sworn in again, Mail&Guardian, 20 grudnia 2005.
Blaise Compaoré dał się poznać jako skuteczny negocjator w kilku lokalnych konfliktach między krajami Afryki Zachodniej. 26 lipca 2006 został mianowany mediatorem w Togo w konflikcie między rządem prezydenta Faure Gnassingbé a opozycją. Dzięki negocjacjom pod nadzorem Compaoré, 21 sierpnia 2006 w Lome obie strony podpisały porozumienie o utworzenie wspólnego rządu jedności narodowej i zakończeniu 12-letniego politycznego impasuTogo: Political agreement aims to end 12-year feud, Irin News, 21 sierpnia 2006. Rok później Compaoré zaangażował się w zakończenie konfliktu i wojny domowej w Wybrzeżu Kości Słoniowej. Był negocjatorem i uzgadniał szczegóły porozumienia pokojowego podpisanego 5 marca 2007 przez prezydenta Wybrzeża Kości Słoniowej Laurenta Gbagbo oraz lidera Nowych Sił Guillame'a SoroCote D'Ivoire: New peace agreement, Irin News, 5 marca 2007.