W 1923 został aresztowany w Baku i skazany na pięcioletnią zsyłkę do Ufy. Wyrok OGPU został jednak zrewidowany i zmieniony na dwa lata łagru w dawnym Monasterze Sołowieckim. W czasie odbywania przezeń kary zmarła jego żona. W 1926 został przeniesiony na przymusowe osiedlenie w sielsowiecie Ostiackim, zaś 1 stycznia 1930 – do miasta Boguczar. W 1933 ponownie otrzymał prawo swobodnego przemieszczania się po Związku Radzieckim. Od lutego 1935 był kapłanem we wsi Wołownikowo (obwód moskiewski), zaś od 1941 do 1942 we wsi Raboczyj Posiołok (obwód kaliniński).
17 kwietnia 1942 otrzymał nominację do objęcia godności biskupa możajskiego, wikariusza eparchii moskiewskiej, po uprzednim złożeniu wieczystych ślubów mniszych. 29 maja 1942 ks. Siergiej Gorodcow złożył śluby przed metropolitą moskiewskim i kołomieńskim Sergiuszem, przyjmując imię Bartłomiej. 31 maja tego samego roku miała miejsce jego chirotonia biskupia, zaś następnego dnia duchowny otrzymał godność arcybiskupią. W listopadzie 1942 powierzono mu zarząd eparchii ulianowskiej. W okresie II wojny światowej Bartłomiej (Gorodcow) zaliczał się do najbliższych współpracowników metropolity Sergiusza (Stragorodskiego), wybranego w 1943 na patriarchę Moskwy i całej Rusi (zm. 1944).