Po podboju ziem bułgarskich przez Turków chrześcijanie zostali na tym terenie poddani prześladowaniom, zaś Bułgarski Kościół Prawosławny stracił autokefalię i ponownie został podporządkowany patriarsze Konstantynopola. Całe wyższe duchowieństwo na ziemiach bułgarskich było do końca XIX w. pochodzenia greckiego i prowadziło ich hellenizację. Walka o autokefaliczny Kościół bułgarski stanowiła istotny postulat bułgarskiego ruchu narodowego w XIX w., zaś prawosławny mnich Paisjusz Chilendarski, autor Słowianobułgarskiej historii, uważany jest za jego prekursora. W 1870 sułtan turecki ogłosił powstanie autonomicznego Egzarchatu Bułgarskiego, który w 1872, po zakończonych fiaskiem negocjacjach z patriarchą Konstantynopola, jednostronnie zadeklarował autokefalię i został ogłoszony schizmatyckim. Do ponownego uznania Bułgarskiego Kościoła Prawosławnego za kanoniczny doszło w 1945, zaś do restauracji patriarchatu – w 1953.