W 1863 roku Reed został głównym konstruktorem Admiralicji i zabrał ze sobą szwagra jako jednego z asystentów.
Zatonięcie w 1870 roku, z dużymi stratami w załodze, pancernika „Captain”, wywołało wielkie wzburzenie brytyjskiej opinii publicznej i dymisje na wielu stanowiskach. Odszedł między innymi Reed. Początkowo jego następcą miał zostać William Laird, właściciel stoczni, w której zbudowano feralny pancernik. Nowy, od 1871 roku, Pierwszy Lord Admiralicji, George Goschen, zaproponował w końcu to stanowisko Barnaby’emu. Początkowo jego stanowisko nosiło nazwę President of the Council of Construction, od 1875 roku przemianowano je na Director of Naval Construction. Pierwsze lata Barnaby’ego jako głównego konstruktora przypadły na wyjątkowo trudny okres: liberalny rząd premiera Gladstone’a, popierany przez opinię publiczną, dążył do znacznej redukcji wydatków na zbrojenia. Postęp technologiczny wymuszał z drugiej strony wprowadzanie nowych rozwiązań konstrukcyjnych. Pierwsze prace miały być dokończeniem i zmodernizowaniem projektów jego poprzednika. Pierwszą w pełni samodzielną konstrukcją Barnaby’ego był pancernik 2. klasy „Shannon”, pod który stępkę położono w 1873 roku i który jest uważany przez część historyków za prekursora krążowników.