W 1935 r., w wieku 22 lat został pastorem luterańskim. Pracował dwa lata w Strasbourgu, potem jako wikariusz w Paryżu w zborze Św. Trójcy. W czasie podróży po Skandynawii poznał pastorów nurtu neoluterańskiego zainteresowanych badaniem źródeł chrześcijańskich z czasów sprzed podziałów. Zaprzyjaźnił się też z Arthurem Michaelem Ramseyem, późniejszym arcybiskupem Canterbury i prymasem Wspólnoty Anglikańskiej. Nawiązał kontakt z opactwem ekumenicznym w Amay, przeniesionym później do Chevetogne oraz jego założycielem Dom Lambertem Beauduin. Odbył studia filologii klasycznej w Sorbonie. Badał chrystologię i eklezjologię Atanazego Wielkiego. Z przyjaciółmi wydawał tygodniowy biuletyn „Le Témoignage”, który spotkał się z ostrymi reakcjami w środowiskach protestanckich zarówno luterańskich, jak kalwińskich. Wartości, które Bouyer dostrzegł w chrześcijaństwie pierwotnym, także w samym protestantyzmie, doznały odrzucenia przez wspólnotę protestancką, której był członkiem.