Dużo podróżował. W 1903 roku wraz z matką i jej bratem wyjechał do Egiptu na pokładzie królewskiego jachtu Amelia, poszerzając swoją wiedzę o starożytnych cywilizacjach. W 1907 rozpoczął naukę w Portugalskiej Szkole Marynarki Wojennej z perspektywą służby wojskowej.
Panowanie Odziedziczył tron w 1908 roku, po śmierci swojego ojca, króla Karola I, i starszego brata, księcia Ludwika Filipa, diuka Braganza, którzy zginęli z rąk radykalnych republikanów w zamachu. W tym samym zdarzeniu Manuel został lekko ranny. Wraz z tronem odziedziczył poważne problemy w polityce wewnętrznej i zagranicznej. W polityce wewnętrznej było to kształtowanie się i stały rozrost ideologii liberalnej i republikańskiej, a w polityce zagranicznej przede wszystkim zmiany terytorialne i ekonomiczne w afrykańskich terytoriach zamorskich, zachodzące już w czasach króla Ludwika I.
Manuel od razu po objęciu władzy zdymisjonował dyktatora João Franco i cały jego gabinet, chcąc umocnić słabą pozycję rodu królewskiego. Ogłosił nowe, wolne wybory, w których republikanie i socjaliści odnieśli porównywalny sukces. Rewolucja wybuchła 4 października 1910 roku, zmuszając Manuela do abdykacji i ucieczki na brytyjski Gibraltar.