W 1945 powrócił do Polski i wstąpił do służby dyplomatycznej Polski Ludowej, był posłem w Meksyku (1945–1951) i Kairze (1951–1952). W kwietniu 1952 odwołany do Polski. W tym samym roku został dyrektorem Powszechnej Kasy Oszczędności, został zwolniony z tej funkcji w kwietniu 1953, następnie aresztowano go za próbę nielegalnego przekroczenia granicy. Z więzienia został zwolniony w marcu 1955, po czym poświęcił się pracy pisarskiej.
Dwukrotnie żonaty. Z pierwszą żoną Katharyn Silva Cornell (ur. 1900) miał córkę Katarzynę Marię (ur. 1933). Z drugą, dyplomatką Natalią Aszkenazy, syna Francisco (ur. 1947). Po odwołaniu z Egiptu Natalia z synem wyjechała do Paryża, a stamtąd do Meksyku, gdzie uzyskała azyl polityczny. Mimo podejmowanych prób, Janowi Drohojowskiemu nie udało się wyjechać z Polski i dołączyć do żony. W 1961 para się rozwiodła.
Pochowany na cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie (kwatera 35 B-5-14).
Ordery i odznaczenia Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski (22 lipca 1951) „za zasługi w pracy zawodowej”. Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski (19 lipca 1946) „za zasługi na polu ogólno-państwowej pracy” - wskazany jako Jan Marceli Drohojewski. Wielka Wstęga II klasy Orderu Orła Azteckiego (Meksyk, 1951)Odra. Wrocławskie Wyd. Prasowe RSW „Prasa”, 1972, s.